Turkcell Süper Ligi'nde bu sezon zor günler geçiren Trabzonspor, 52 puan ile ligi 4. sırada bitirerek UEFA Kupası'nda mücadele etme hakkı elde ederken, oynadığı futboldan daha çok yaşadığı sıkıntılar ve kaoslar ile gündeme geldi.
2005-2006 sezonuna Şampiyonlar Ligi ön eleme maçıyla başlayan Trabzonspor, Kıbrıs Rum Kesimi Temsilcisi Anorthosis Famagusta'ya elenerek ilk maçta devler ligine veda etti. Bir Rum takımına elenmesi, Bordo-mavili takımın prestij kaybetmesine de neden oldu. Trabzonspor, Turkcell Süper Ligi'ne iyi başlamasına rağmen üzerinden Anorthosis Famagusta'ya elenmesinin şokunu bir türlü atamadı. İstanbul'da Sivasspor yenilgisinin ardından, ligin 7. haftasında Hüseyin Avni Aker Stadı'nda oynanan Vestel Manisaspor maçını da 2-0 kaybetmesiyle Bordo-mavili taraftarlar, yönetimi ve teknik direktör Şenol Güneş'i protesto etti. Rum temsilcisine elenmenin ve ligde kötü günlerin başlangıcının faturasını ise görevinden istifa eden Teknik Direktör Şenol Güneş ödedi. Gökdeniz Karadeniz'in 2004-2005 sezonunda oynanan Akçaabat Sebatspor-Kayserispor maçında şike yaptığı iddiaları ise Trabzonspor'u sarstı. Gökdeniz'in 6 ay müsabakalardan hak mahrumiyeti cezası alması ise takım içinde dengeleri bozarken, manevi anlamda da Trabzonspor şok yaşadı.
Bu gelişmenin ardından Szmykowiak'ın Gaziantepspor maçında sakatlanması, Trabzonspor'da güç kaybına neden oldu. Polanyalı oyuncu, sakatlığı nedeni ile 9 resmi karşılaşmada forma giyemedi.
Bordo-mavili camiada teknik direktör krizi ise kolay aşıldı. Dönemin yönetim kurulu, Fransa'da yaşayan Boşnak teknik adam Vahid Halilhodzic ile anlaştı. Ancak Fatih Tekke'nin sakatlığının bu döneme rastlaması ise Boşnak teknik adamın şanssızlığı oldu.
Büyük umutlarla getirilen Vahid Halilhodzic ilk kez takımın başında çıktığı Samsunspor maçında sahadan 3-1 yenilgi ile ayrıldı. Arka arkaya alınan kötü sonuçların ardından Başkan Atay Aktuğ ve yönetim kurulu, kongre kararı aldı. Sürekli taraftarın tepkisi ile karşılaşan mevcut yönetim kurulu, tepkileri kongre kararı alarak azalttı.
7-18 Aralık 2005 tarihinde ise Trabzonspor, 54. Olağan Genel Kurulu'nu yaptı. Seçimlere 3 başkan adayı ile giden bordo-mavili camiada başkanlığa Nuri Albayrak getirildi. Göreve gelen yeni yönetim kurulunu ise bir çok sıkıntı bekliyordu. Bordo-mavili yönetim, Türkiye Futbol Federasyonu seçimlerinin ardından transfer çalışmalarına ağırlık verdi. Teknik Direktör Vahid Halilhodzic'in raporu doğrultusunda problem yaşadığı 3 futbolcu kadro dışı bırakıldı.
Trabzonspor, ara transfer döneminde Emrah Eren, Volkan Bekiroğlu, Özgür Bayer, Kürşat Duymuş, İbrahim Ege gibi isimlerle yollarını ayırırken; Mehmet Yılmaz, Hasan Sönmez, Fabiano Eller ve Tomas Jun'u kiralık olarak başka takımlara verdi. Bordo-mavili takım ara transfer döneminde Fatih Akyel, Milan Stepanov, Djokaj, Ferhat Çökmüş, Ömer Rıza, Ahmet Şahin, Ali Güzaldal ve Ergin Keleş gibi isimleri ise kadrosuna kattı.
Trabzonspor, gönderdiği ve transfer ettiği oyuncularla birlikte yeni sezon iyi bir başlangıç yapma düşüncesi ile hareket ederken, milli oyuncuları Fatih Tekke ve Gökdeniz Karadeniz'in araçları ve iş yerlerine yapılan silahlı saldırı ile bir kez daha büyük şok yaşadı.
İkinci yarıya yeni bir anlayış ve yeni bir kadro ile giren Trabzonspor, Kayserispor maçında 2-0 öne geçmesine rağmen sahadan 4-2 ayrılarak 2. yarıya kötü başladı. Alınan bu şok yenilgiye rağmen Trabzonspor, ikinci yarıda yakaladığı çıkış ile taraftarını biraz olsun rahatlattı. Bu sezon şampiyonluğa havlu atan ve Türkiye Kupası'na da veda eden Trabzonspor, UEFA Kupası'na katılma hedefi koydu. Bordo-mavili takım, üçüncülük hedefine ulaşamasa da UEFA Kupası'na katılmayı başardı.
Sezon sonunda Fransa'ya geri dönen Boşnak çalıştırıcı Vahid Halihodzic Trabzonspor'da kalmazken, bordo-mavili takım yeni bir teknik adam arayışına girdi. Halilhodzic ile Trabzonspor bu sezon 26 lig, 4 de Türkiye Kupası maçı oynadı. Bu karşılaşmalarda bordo-mavili takım, ligde Halilhodzic ile 12 galibiyet, 9 mağlubiyet ve 5 de beraberlik elde etti. Attığı 41 gole karşılık kalesinde ise 31 gol gördü. 41 puan topladı. Türkiye Kupası'nda ise 3 galibiyet 1 yenilgi görürken, attığı 6 gole karşılık kalesinde 5 gol buldu.
TRABZONSPOR, BU SEZON CEZAKOLİK OLDU...
Trabzonspor, bu sezon taraftarının neden olduğu kötü ve çirkin tezahürat ile saha olayları nedeniyle, 248 bin 500 YTL para ve bir maç saha kapatma cezaları aldı.
Turkcell Süper Ligi'nin 32. haftasında oynanan Trabzonspor-Fenerbahçe maçında bordo-mavili kulüp, taraftarının neden olduğu kötü, çirkin tezahürat ve saha olayları nedeni ile 70 bin YTL para cezasına çarptırıldı. Sezonun rekor cezasını bu maçta alan Trabzonspor, bu sezon 34 lig maçı, 4 de Fortis Türkiye Kupası maçı olmak üzere oynadığı 38 maçın 23'ünde cezaya çarptırıldı ve 248 bin 500 bin YTL para cezası aldı. Bordo-mavili kulüp, Çaykur Rizespor ile deplasmanda oynadığı ve 6-1 kazandığı maçta çıkan olaylar nedeniyle kendi evinde oynayacağı Beşiktaş maçını ise sahasının kapatılması nedeniyle İzmir'de oynamak zorunda kaldı.
Bordo-mavili kulübün bu sezon ceza aldığı maçlar ve ceza tutarları ise şöyle:
1. Hafta: Trabzonspor - Kayserispor: 5 bin YTL
3. Hafta: Trabzonspor - Ankaragücü: İhtar
5. Hafta: Trabzonspor - Gaziantepspor: 15 bin YTL
6. Hafta: Sivasspor - Trabzonspor: 5 bin YTL.
7. Hafta: Trabzonspor - Vestel Manisaspor: 5 bin YTL
8. Hafta: Galatasaray - Trabzonspor: 12 bin 500 YTL
9. Hafta: Samsunspor - Trabzonspor: 15 bin YTL
10.Hafta: Trabzonspor - Kayseri Erciyesspor: 30 bin YTL
Fortis Türkiye Kupası: Trabzonspor - Kayserispor: 15 bin YTL
12. Hafta: Trabzonspor - Gençlerbirliği: 20 bin YTL
14. Hafta: Trabzonspor - Çaykur Rizespor: 6 bin YTL.
15. Hafta: Fenerbahçe - Trabzonspor: 2 bin 500 YTL
16. Hafta: Trabzonspor - Ankaraspor: 7 bin 500 YTL
Fortis Türkiye Kupası: Fatih Karagümrük - Trabzonspor: 3 bin YTL
20. Hafta: Trabzonspor - Malatyaspor: 3 bin YTL
Fortis Türkiye Kupası: Trabzonspor - Denizlispor: 7 bin YTL
22. Hafta: Trabzonspor - Sivasspor: 5 bin YTL
24. Hafta: Trabzonspor - Galatasaray: 7 bin YTL
29. Hafta: Gençlerbirliği - Trabzonspor: 5 bin YTL
30. Hafta: Trabzonspor - Diyarbakırspor: 5 bin YTL
31. Hafta: Çaykur Rizespor - Trabzonspor: 2 bin 500 YTL ve 1 maç saha kapatma cezası
32. Hafta: Trabzonspor - Fenerbahçe: 70 Bin YTL
33. Hafta: Ankaraspor - Trabzonspor: 2 Bin 500 YTL