Selçuk Şahin ‘in gençlik yılları Silifke'de geçti. 23 Temmuz 1999'da Hatayspor'da profesyonelliğe geçti. 2003-2004 sezonunda İstanbulspor A. Ş. takımından 3 yıllık sözleşme yapılarak Fenerbahçe Spor Kulübü’ne transfer edildi. Orta saha mevkiinde oynamaktadır.
Selçuk Şahin ‘in Fenerbahçe'deki ilk maçı, 16 Temmuz 2003 tarihinde oynanan Waldhof Mannheim - Fenerbahçe, hazırlık maçıdır.
Fenerbahçe'deki ilk resmi maçı, 10 Ağustos 2003 tarihinde oynanan ve takımının 0-3 kaybettiği Fenerbahçe - İstanbulspor AŞ, Türkiye Süper Lig maçıdır.
Selçuk Şahin uzun yıllar boyu oynamaya devam ettiği kulüpte birçok kez yedek kalsa da inişli-çıkışlı performansıyla hiçbir zaman ilk on birin değişmez futbolcularından biri olamadı.
Selçuk Şahin Fenerbahçe'ye transfer olduktan sonra 21 numaralı formayı giymeye başladı. 2011-2012 sezonunda memleketi Tunceli'nin plaka numarası olan 62 numara ile maçlara çıktı. Bir sene boyunca 62 numaralı formayı giyen Selçuk, 2012-2013 sezonunda tekrar 21 numaralı formayı giymeye başladı.
Selçuk Şahin derbi maçlarında ve kritik maçlarda attığı gollerle Fenerbahçe'de 10 senedir forma giymektedir. Selçuk Şahin, 23 Mayıs 2013 günü Fenerbahçe ile 2 senelik yeni sozlesme imzalamıştır.