Fenerbahçe'de teknik direktörlük koltuğu için Emre Belözoğlu ismi ön plana çıktı. Sergio Conceicao ile görüşmelerin durmasının ardından Aziz Yıldırım'ın da devreye girdiği süreçte, Belözoğlu'nun sarı-lacivertli kulüpteki ilk teknik direktörlük dönemi yeniden gündeme geldi.
Fenerbahçe'de teknik direktörlük görevi için yürütülen görüşmelerde önemli bir değişiklik yaşandı. Portekizli teknik adam Sergio Conceicao ile yapılan temaslarda ortaya çıkan pürüzlerin ardından taraflar arasındaki görüşmelerin durduğu belirtildi.
Bu gelişme sonrasında Fenerbahçe yönetiminin yerli teknik direktör seçeneğine yöneldiği ve listenin ilk sırasına Emre Belözoğlu'nu aldığı aktarıldı. A Spor'un haberine göre Belözoğlu ile anlaşma sağlanırken, Aziz Yıldırım'ın da süreçte son kararı vermesi bekleniyor. Belözoğlu'nun Fenerbahçe'nin en güçlü adaylarından biri olduğu ve Aziz Yıldırım ile görüşmeler gerçekleştirildiği ifade edildi.
Emre Belözoğlu'nun Fenerbahçe'ye dönüş ihtimali, kulüpteki ilk teknik direktörlük dönemini de yeniden gündeme taşıdı. 2020-2021 sezonunun başında sportif direktörlük görevini üstlenen Belözoğlu, teknik direktör Erol Bulut'un 25 Mart 2021'de görevinden ayrılmasının ardından takımın başına getirildi.
Fenerbahçe yönetimi, yaptığı resmi açıklamada sezonun kalan bölümünde sportif direktör Emre Belözoğlu'nun takımın teknik sorumlusu olarak görev yapacağını duyurdu. Böylece Belözoğlu, futbolculuk kariyerini noktaladığı kulüpte bu kez teknik adam olarak görev almaya başladı.
Belözoğlu, Fenerbahçe'nin başında çıktığı 10 Süper Lig karşılaşmasında 7 galibiyet, 2 beraberlik ve 1 mağlubiyet aldı. Bu performansla maç başına 2,30 puan ortalamasına ulaşan genç teknik adam, takımın şampiyonluk iddiasını sezonun son haftalarına kadar sürdürmesini sağladı.
Ancak Fenerbahçe, sezonun son bölümünde kritik puan kayıpları yaşadı. Özellikle şampiyonluk yarışındaki Sivasspor mağlubiyeti, sarı-lacivertlilerin zirve mücadelesinde ağır yara almasına neden oldu. Fenerbahçe, 2020-2021 sezonunu Beşiktaş'ın 2 puan gerisinde üçüncü sırada tamamladı.
Belözoğlu'nun Fenerbahçe'deki ilk dönemi de sezon sonunda sona erdi. Dönemin başkanı Ali Koç, 1 Haziran 2021'de yaptığı açıklamayla yeni sezonda takımın başında Belözoğlu'nun olmayacağını duyurdu.
Fenerbahçe'den ayrıldıktan sonra teknik direktörlük kariyerine devam eden Belözoğlu, Ekim 2021'de Başakşehir'in başına geçti. İstanbul ekibinde yaklaşık iki sezon görev yapan 46 yaşındaki teknik adam, 88 karşılaşmada 1,77 puan ortalaması yakaladı.
Başakşehir macerasının ardından Ekim 2023'te Ankaragücü ile anlaşan Belözoğlu, burada 38 maçta görev yaptı ve 1,32 puan ortalaması elde etti. Ocak 2025'te Antalyaspor'un başına geçen deneyimli çalıştırıcı, Akdeniz ekibinde ise 28 karşılaşmada 1,18 puan ortalamasında kaldı.
Emre Belözoğlu, Aralık 2025'ten bu yana Kasımpaşa'da teknik direktörlük görevini yürütüyor. Türkiye Futbol Federasyonu kayıtlarına göre deneyimli teknik adamın İstanbul ekibiyle sözleşmesi 30 Haziran 2027'ye kadar devam ediyor.
Emre Belözoğlu yönetimindeki Kasımpaşa, Süper Lig'de geride kalan 10 karşılaşmada yalnızca Galatasaray'a mağlup oldu. Sezona Trabzonspor beraberliğiyle başlayan İstanbul temsilcisi, Çorum FK, Gençlerbirliği, Samsunspor ve Eyüpspor karşısında galibiyete uzanırken Başakşehir, Amed SK, Konyaspor ve Beşiktaş maçlarından beraberlikle ayrıldı. Galatasaray deplasmanında 3-1'lik yenilgi yaşayan Kasımpaşa, Belözoğlu yönetiminde ortaya koyduğu bu sonuçlarla Fenerbahçe'nin gündemindeki teknik adamın son dönemdeki performansını da ortaya koydu.