İsviçre'nin Nyon kentindeki UEFA Genel Merkezi'nde gerçekleştirilen kura çekiminde Fenerbahçe'nin rakibi, Portekiz'in Benfica takımı oldu.
Lig rotası ile şampiyonlar rotası adıyla iki grup halinde yapılan kura çekimi sonucunda eşleşmeler şöyle oluştu:
Lig rotası:
Benfica (Portekiz) - Fenerbahçe
PAOK (Yunanistan)/Basel (İsviçre) - Spartak Moskova (Rusya)
Slavia Prag (Çekya) - Dinamo Kiev (Ukrayna)
Standard Liege (Belçika) - Ajax (Hollanda)/Sturm Graz (Avusturya)
Şampiyonlar rotası:
Celtic (İskoçya)/Rosenborg (Norveç) - AEK Atina (Yunanistan)
Kızılyıldız (Sırbistan)/Süduva (Litvanya) - Legia Varşova (Polonya)/Spartak Trnava (Slovakya)
Astana (Kazakistan)/Midtjylland (Danimarka) - Dinamo Zagreb (Hırvatistan)/Hapoel Beer-Sheva (İsrail)
Kukesi (Arnavutluk)/Karabağ (Azerbaycan) - BATE Borisov (Belarus)/HJK Helsinki (Finlandiya)
Salzburg (Avusturya) - Shkendija (Makedonya)/Sheriff (Moldova)
CFR Cluj (Romanya)/Malmö (İsveç) - Ludogorets (Bulgaristan)/Vidi (Macaristan)