Türk futbolunda bir dönemin daha sonuna gelindi. Süper Lig'de 5 sezon mücadele eden ve UEFA Avrupa Ligi'nde Türkiye'yi temsil etme başarısı gösteren Yeni Malatyaspor, yaşadığı ekonomik ve sportif sorunların ardından profesyonel liglere veda etti.
Bu sezon Nesine 3. Lig 3. Grup'ta mücadele etmesi gereken Yeni Malatyaspor, oynadığı karşılaşmalara çıkmayınca Türkiye Futbol Federasyonu Profesyonel Futbol Disiplin Kurulu'nun kararıyla amatör lige gönderildi.
Sarı-siyahlı ekibin bu kararla birlikte 19 yıllık profesyonel lig serüveni de sona erdi.
Yeni Malatyaspor, profesyonel liglerdeki yükselişine 2006-2007 sezonunda 3. Lig'e çıkarak başladı. Malatya temsilcisi, 2009-2010 sezonunda 2. Lig'e yükselerek önemli bir adım daha attı.
2014-2015 sezonunda 2. Lig Beyaz Grup'ta şampiyonluğa ulaşan sarı-siyahlılar, 1. Lig'e yükseldi. Yeni Malatyaspor, iki sezon sonra ise 2016-2017 sezonunu ikinci sırada tamamlayarak tarihinde ilk kez Süper Lig biletini aldı.
Yeni Malatyaspor, 2017-2018 sezonunda Süper Lig'deki ilk maçına çıktı. İlk sezonunda ligi 10. sırada tamamlayan Malatya ekibi, bir sonraki sezon ise 5. sırayı alarak tarihinin en başarılı lig derecelerinden birine ulaştı.
Aynı sezon Türkiye Kupası'nı Galatasaray'ın kazanmasıyla UEFA Avrupa Ligi'nde mücadele etme hakkı elde eden Yeni Malatyaspor, Avrupa'da da sahne aldı. Sarı-siyahlılar, UEFA Avrupa Ligi'nde 3. eleme turuna kadar yükseldi ancak bu aşamada organizasyona veda etti.
Yeni Malatyaspor, 2019-2020 sezonunda Süper Lig'i 16. sırada tamamladı. Ancak pandemi nedeniyle küme düşmenin kaldırılması sonucunda ligde kalmayı sürdürdü.
2020-2021 sezonunda 15. sırada yer alan Malatya temsilcisi, 2021-2022 sezonunda ise ligi son sırada tamamlayarak Süper Lig'e veda etti.
Ekonomik problemler ve sportif başarısızlıkların ardından düşüşü devam eden Yeni Malatyaspor, son olarak 3. Lig'deki maçlara çıkmayınca PFDK kararıyla amatör lige düşürüldü. Böylece Süper Lig'de 5 sezon geçiren ve Avrupa kupalarında Türkiye'yi temsil eden kulübün profesyonel liglerdeki 19 yıllık yolculuğu sona ermiş oldu.