Aylar süren görüşmeler sonrası Beşiktaş'a transfer olan Gökhan Gönül gündemden düşmüyor. Tecrübeli futbolcunun Benfica maçından kalan kanlı forması Fenerbahçe müzesinden taraftarların isteğiyle kaldırıldı.
2 Mayıs 2013 tarihinde UEFA Avrupa Ligi yarı final rövanş karşılaşmasında yüzüne aldığı darbe sonrası kanlar içinde kalan Gökhan'ın Fenerbahçe müzesine koyulan kanlı forması gelen tepkiler üzerine kaldırıldı.
Beşiktaş'a imza attıktan sonra yaptığı açıklamada 'Fenerbahçe taraftarı ve Fenerbahçe' kelimelerini kullanmaması ve bu yüzden taraftarlar tarafından tepki gelmesi nedeniyle sarı lacivertli kulüp Gökhan'ın müzedeki kanlı formasını kaldırma kararı aldı.