Afyon Cumhuriyet Başsavcılığı, patlamada evlatlarını kaybeden ailelerin avukatlığını yürüten Altan Ulutaş’ın elindeki belge, bilgi ve dokümanları istedi. Radikal'den İsmail Saymaz'ın haberine göre, Ulutaş, sabotaj kuşkusunun mahkemece gözardı edildiğini kaydederek, “Biz bugüne askeri mahkemeden soruşturmanın bu yönde genişletilmesini ve eğer bu kanaate varırsa ilgili mahkemeye göndermesini istemiştik. Fakat bu görüş kabul edilmemişti” dedi.
Afyon Şehit Uzman Çavuş Mete Saraç Kışlası’nda 5 Eylül 2012’de bir cephanelik deposuna mühimmat taşındığı sırada meydana gelen patlamada 25 asker can vermişti. İlk incelemede, Mühimmat Bölük Komutanı Binbaşı Ali Duran’ın, daha önce Susurluk’tan getirilip iki depoya doldurulmuş mühimmatın dört günde sayımını ve tasnifini emrettiği, üç günlük oryantasyon eğitiminden bile geçmemiş ve el bombasıyla temas etmemiş kısa dönem erlere bunların taşıttırıldığı, işlemin geceye sarktığı ve deponun araç farlarıyla aydınlatıldığı anlaşılmıştı. Patlamanın ardından Binbaşı Ali Duran ile 2. Mühimmat Bölge Komutanı Kıdemli Albay Veysel Özbay ile depolardan sorumlu Üsteğmen Tuncay Aydın’a, “birden fazla kişinin ölümüne ve yaralanmasına neden olma” savıyla dava açılmıştı.
Mahkemeye en son, Emniyet Genel Müdürlüğü Ankara Kriminal Polis Laboratuvarı’nın toprak numune raporu ulaştı. Patlama alanından toplanmış 15 toprak numunesinden 11’inde ‘eser düzeyde patlayıcı maddelerden HMX, RDX ve TNT kalıntıları’ olduğu belirlendi. İki numunede; ‘pentaerythrol tetranitrate’ (PETN) adlı patlayıcı kalıntısına ulaşıldı. Yedi numunede ise TNT benzeri pikrik asit kalıntısı bulundu. Üç ayrı numunede PETN ve pikrik asitin yanı sıra iki türde DNT kalıntısına ulaşıldı. Bundan önce, ölen askerlerden Faruk Ergenç’in dokularında da aynı patlayıcı bulgularına ulaşılmıştı.
Emniyet Kriminal raporunda, el bombalarının TNT ve RDX içerdiği, DNT’nin de TNT’nin kimyasal değişikliğe uğramasıyla oluşabileceği ifade edildi. PETN ve HMX’in ise el bombalarında kullanılmadığı kaydedildi. PET’nin infilaklı fitil ve tahrip kalıplarında yemleme amacıyla, HDX’nin ise roket gibi mühimmatlarda kullanıldığı ifade edildi. Asker ailelerinin avukatı Altan Ulutaş da sabotaj kuşkusuna dikkat çekmişti. Radikal’in bu iddiayı 20 Mart’ta duyurması üzerine TSK’dan yapılan açıklamada, PETN’in hassas bir patlayıcı olması nedeniyle el bombalarının içeriğinde ateşleyici olarak kullanıldığı, bu maddenin depolarda bulunmasının da normal olduğu savunuldu.
Radikal’in bu haberi sonrası Afyon Cumhuriyet Başsavcılığı, sabotaj iddiasına ilişkin soruşturma başlattı. Bu iddiayı dile getiren Avukat Ulutaş’ı ifadeye çağıran Savcı Nurettin İpek, 24 Mart tarihli tebligatta şu ifadelere yer verdi:
“Patlamada 25 askerimizin şehit olması olayının taksirle meydana gelmediği, sabotaj veya başka türlü bir saldırı olasılığı bulunduğu iddia edildiğinden ve Ulutaş’ın şehit, yaralı mağdurlar, aileleri avukatlığı yapmış olması sebebiyle basına yansıyan iddialar ile ilgili elinde bulunan bilgi, belge ve diğer delillerin sorulması, başsavcılığımız ile paylaşabileceği delillerin neler olduğunun sorulması, bu bilgi ve belgelerin, bilirkişi raporlarının suretlerinin temini ve şikayet ve delillerin tespiti...”